而根部和大蛇丸多年的合作研究，所得出的许多成果也被村子接纳并消化吸收。
另外，随着对根部忍者的审查深入，除了那一夜带走的根部忍者外，其他残余的根部忍者也被尽数挖出，他们或正好没参加根部集会，或潜伏于暗部之中，还有零星的几个正在木叶之外执行任务。
其中就包括山中风，角木带人突袭时，他正好待在家休息。
对于这些人的处理，水门听取三代的意见，将他们统一安置在一处秘密基地，进行为期一年的基本培训。
并非忍者才能方面的培训，而是培养出他们的情感，教导他们同伴的概念，引导他们的“火之意志”。
培训结束后，再根据个人才能，安排相应的工作。
还有那些在外面执行任务的根部忍者，也进行了召回，一并塞到“培训班”，任务或放弃，或由暗部继续接手。
最让人头痛的，其实还是被解救出的四百多名孤儿。
这些孤儿大多是从小就来到了根部，对原生家庭已经没有概念，年龄也偏小，最大的只有8岁，最小的只有3岁。
年龄合适的可以送入忍校，但也要有地方住才行。
这些孤儿又不是像鸣人和佐助那种有遗产的孤儿，可没有单独住宿的待遇。
最终，在“财务主管”转寝小春要杀人的目光中，水门大手一挥，拨出大笔经费，将村子现有的几所孤儿院全部扩建。
并向每所孤儿院加派了一名生活老师，用来加强根部孤儿与其他正常孤儿的交流，恢复他们的情感，让他们建立与木叶的羁绊。
忙完这些，水门还面临最后一个问题，那就是如何为团藏定性。
其实在京都时，水门已经向大名说过，团藏是“不幸阵亡”的。
这其实也是水门的一个态度，团藏虽然私心野心很重，损害了木叶的很多利益，但同样也为木叶干了不少脏事，做出了应有的贡献。
对于这么一个人，很难彻底抹杀掉他的功绩，彻底将他“定罪”。
原因很简单，团藏死后，在黑暗中守护木叶的重任就压在了暗部的身上，若是不顾任何情面对团藏进行定罪，这些脏活以后谁干？
再者，以三代为首的顾问团，对团藏这位老朋友，还是有一些情谊在的。
最终，在众人协商后，一致决定，给团藏一个体面。
很快，村子对外宣称，水门上京途中遭遇不知名敌人袭击，团藏为护卫第四代火影，英勇战死，名字篆刻慰灵碑。
对于这个结果，只能说，大家懂的都懂，只是不会宣之于口罢了。
至于志村一族，团藏没有子嗣，这一族也一贯比较低调，虽受团藏理念影响颇深，倒也没谁刻意针对他。
在处理完根部和团藏的事情之后，水门就开始着手处理宇智波一族的事。
虽然一直极力压制宇智波一族的团藏死了，但这不意味着火影一系对宇智波的政策有质的变化。
三代和水门都愿意和宇智波一族进行更多的交流，以消除隔阂，但火影一系和宇智波一族根源上的矛盾一直存在。
那就是沿自初代、二代火影的平民化政策，和宇智波一族始终想牢牢占据核心的问题。
建立木叶的两大“原始股东”，千手一族在初代、二代的命令下主动融入了村子，而宇智波一族在保持独立性的同时，一直认为应当享受“最大股东”的权利，牢牢占据木叶决策层的核心，甚至成为火影。
这就是宇智波一族和木叶决策层核心的矛盾冲突。
火影一系一直限制宇智波一族的原因，也并非贪恋权柄，而是要将平民化政策一直保持实施贯彻下去。
而一旦放开对宇智波的限制，让宇智波进入决策层，则一贯实施的平民化政策必将被打破。
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